Όλοι οι τόμοι, από τον ένατο και εξής χωρίζονται σε δύο μέρη:

α) Στο πρώτο μέρος δημοσιεύονται τα έγγραφα μεταγραμμένα με απόλυτη ακρίβεια από το πρωτότυπο χειρόγραφο. Η αρίθμηση των εγγράφων είναι αυτοτελής για κάθε τόμο. Ένας συνοπτικός τίτλος για κάθε έγγραφο παρουσιάζεται με τα περιεχόμενα του κάθε τόμου στους «Πίνακες Περιλήψεων» για τους τόμους 9-14 και στους «Πίνακες επιγραφών εγγράφων» για τους τόμους 15-25, στην καρτέλα «Περιγραφή των τόμων - Περιεχόμενα» . Στη δικτυακή εφαρμογή οι τίτλοι των εγγράφων παρουσιάζονται κατά τόμο και στην καρτέλα «Πίνακες εγγράφων».

β) Στο δεύτερο μέρος παρουσιάζονται τα ομοιότυπα χειρογράφων αρκετών από τα έγγραφα που δημοσιεύονται στο πρώτο μέρος. Στους τόμους 9-14 παρουσιάζονται και ομοιότυπα σφραγίδων και υπογραφών. Τα ομοιότυπα συγκροτούν μία ενότητα πινάκων, οι οποίοι ακολουθούν ξεχωριστή, διαδοχική αρίθμηση –ανεξάρτητη από την αρίθμηση των αντίστοιχών τους εγγράφων. Αναφέρεται, ωστόσο, στο κάτω μέρος κάθε ομοιότυπου ο αριθμός εγγράφου στο οποίο αντιστοιχεί. Αν ένα χειρόγραφο έχει πάνω από μία σελίδες, αυτό σημαίνεται στο κάτω μέρος του πίνακα (σ.1, σ.2 κ.ά.) και με ένα κλικ στο κουμπί «Επόμενο» μπορείτε να δείτε όλες τις διαθέσιμες σελίδες του χειρογράφου.